มหาวิทยาลัยมหิดลเป็นมหาวิทยาลัยปลอดบุหรี่ ยกเว้นในพื้นที่ที่กำหนด นักศึกษาสูบบุหรี่หรือสูบบุหรี่ไฟฟ้านอกพื้นที่ที่กำหนดจะถูกลงโทษทางวินัย รวมไปถึงตักเตือน คุมประพฤติ และปรับตามกฎหมาย 5,000 บาท โดยจะลงโทษทั้งสองอย่าง การกระทำผิดซ้ำอาจส่งผลให้ถูกพักการศึกษาและไม่มีสิทธิ์สำเร็จการศึกษา