สำหรับนักศึกษาที่มีปัญหาการเรียน หน่วยที่ปรึกษาทางวิชาการซึ่งขึ้นตรงกับผู้ช่วยรองคณบดีฝ่ายการศึกษาจะ ติดตามผลการเรียนของนักศึกษาแต่ละคนผ่านข้อมูลที่มีอยู่ในระบบ SKY
นักเรียนที่มีปัญหาด้านผลการเรียนจะอยู่ภายใต้ข้อบังคับของมหาวิทยาลัยมหิดล กระบวนการให้คำปรึกษาทางวิชาการประกอบด้วย
(1) มีข้อความเตือนในระบบ SKY (2) การแจ้งเตือนอย่างเป็นทางการ (จดหมาย) ที่ออกโดยรองคณบดีฝ่ายการศึกษาซึ่งจะถูกส่งไปยังนักศึกษา/ ผู้ปกครองเพื่อแจ้งให้ทราบเกี่ยวกับสถานะของนักศึกษาและข้อบังคับของมหาวิทยาลัย และ (3) จัดให้มีการประชุมกับนักศึกษา (ในบางกรณีจะมีการเชิญผู้ปกครอง) ในระหว่างภาคการศึกษาเพื่อหารือเกี่ยวกับปัญหาของนักศึกษาและข้อบังคับของมหาวิทยาลัย อนึ่ง นักศึกษาสามารถนัดหมายเพื่อขอคำปรึกษาทางวิชาการได้ที่สำนักงานฝ่ายการศึกษา